本作は最後のダンジョンを攻略するための条件として、他のデジモン関連の電子商品「四種類」との通信が必要不可欠であり、単体では真のエンディングを見ることができない。前作と同じくデジモンアドベンチャー02のシナリオと一部リンクしており、一乗寺賢がデジモンカイザーになる決定的な出来事が描かれているが、前述の通りこのエピソードも連動が必須であり、ゲーム単体では見ることができない仕様となっている。(出典:wikipedia)

wikiのこの記述について自力で調査しました。
結論から言えば「真エンディングも追加エピソードも無い」です。
どなたかwikiを訂正して貰えると助かります。

以下は、調査方法とその結果。
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１．ゲーム内に登場する通信手段(全6か所)

・ペンモントレーディングハウス：ワンダースワン間でトレード
・VS＝コロシアム：ワンダースワン間で対戦
・D-３＝コロシアム：D-３と対戦・トレード・ジョグレス
・ポータブル＝コロシアム：携帯デジモン(D-３以外)と対戦
・ディーターミナル＝コロシアム：ディーターミナルと対戦・トレード
・ワンダーウェーブ＝コロシアム(ワンダーゲート)：ネット対戦(2004年末にサービス終了)


２．私が通信した内容(機種4つ)

・ディーワン同士：デジメンタル・デジモンの送受信(ペンモン)、対戦(VS)
・Ｄ-３(黒)：デジメンタルの送受信、対戦
・ディーターミナル(インペリアル色)：デジメンタルの送受信
・デジタルモンスターver.1(初代携帯デジモン)：対戦


３．結果

通信後にラストタワー(ラスボス戦ダンジョン)を攻略→変化なし



４．ゲームクリア後の街中で聞けるヒント台詞

ドリモゲモン
＞はは！　ついにクリアーしちゃったね
＞あとはエンディング以降を楽しみましょう！
＞結構盛り沢山なんだよ！
＞ワンダーゲートでしょ…　四聖獣の隠しマップでしょ…
＞プレゼントデジモンでしょ…
＞そうそう、ムーン＝ミレニアモンも
＞あることをすると、もっともっと強くなっていくんだって！

ズルモン
＞エンディング以降になると、なんとムーン＝ミレニアモンを
＞進化させて、また戦うことができるんだ！

ゲンナイ
＞ここから先はエンディング以降のゲームじゃ！
＞やることはいっぱいあるぞ！
＞…残り３つのフィールド　…進化するラスボス
＞…そして、ワンダーゲートによる本当のD-１バトルじゃ！

ツノモン
＞裏ニュース発見！
＞自分が選んだ四聖獣と違う四聖獣のテイマーと通信対戦すると
＞新しいフィールドに行けるようになるんだって！
＞しかも…ラスボスのムーン＝ミレニアモンもパワーアップして
＞すごい強いデジモンに進化するんだって！

・ディーワンテイマーズは最初に四聖獣の１つを選び、選んだ種類によってラスト１個前のダンジョンが変わる。
・自分と違う四聖獣を選んだディーワンテイマーズと通信対戦することで、他の四聖獣のダンジョンに行けるようになる。
・「通信対戦していると、クリア後のラストタワーのボスが変わる」攻略本の記述(P119)


５．四聖獣の塔を全て出現させてみる

赤い△が各四聖獣の塔へのゲート。解放すると灰色→赤色に変わる。
中央の目がラストタワー(ラスボスマップ)への入り口。


６．結果

隠しを含めて全てのダンジョンを完全クリアしても、追加台詞、追加イベント、真エンディングは出なかった。追加要素はラスボスが強化されることだけ。追加した四聖獣の塔の攻略有無はラスボス強化の条件に含まれない。
通常のラスボス戦はHP1260のディアボロモン・アポカリモンとHP1820のムーン＝ミレニアモン。通信でHP2430のディアボロモン・アポカリモンとHP9999のアルケニモンに変化。ボスはD-3で仲間にできないため細かいステータスは不明。HPがカンストした強敵だが、もちろんデットリースティングで倒せる。
一気に３本の塔を追加してしまい確認できないので以下は憶測になるが、１本追加→ボルケーモン、２本追加→マミーモン、３本追加→アルケニモンの順でラスボスが変化する（根拠：9期37番のムーン＝ミレニアモンより、9期78のボルケーモン、10期79番マミーモン、10期21番アルケニモンの方がタマゴランクが上）。



７．おまけ：攻略TIPS

塔のうち、チンロンモンのリュウの塔・タスクタワーはダークティラノモンという麻痺耐性を持つ敵が出現する(デットリースティングが効かない)。これから攻略する人はチンロンモン以外を選ぼう！